1.一次色跟色问题
印刷生产中，一次色（CMYK）的跟色比较难，主要是由于油墨色相与打印机的墨水色相不同，数码样的一次色都是通过不同比例的CMYK墨水合成的设备耗材。
2.中性灰跟色问题
中性灰色也是比较难跟的一个色系，在印刷过程中，其中某一色版的网点稍微有点变化（甚至1％的网点变化），人眼就能感觉出来，对于印刷来说，控制网点在细小范围内的变动很难。
3.二次色的暗调跟色问题
二次色主要指C＋M、C＋Y、Y＋M、C＋K、Y＋K、M＋K，这些颜色的暗调部分在印刷跟色中也很难完全匹配，特别是C＋M合成的蓝紫色，Y＋M合成的大红，其道理跟中性灰色的跟色一样，人眼对这些颜色很敏感，印刷中供墨量稍有变化，就会产生很大的视觉变化具。
4.相同色系的大面积色块和图像的组合
大面积的色块用墨量多，而且还容易看出颜色的差别，当大面积色块与图像排在同一墨路时，印刷墨量的控制很难同时照顾到两者。
5.相反色调的组合
同一墨键位置有主色调相反的图像时，印刷不容易跟色中部印刷。比如上面排一个蓝天风景，下面排一个人物肖像，为了突出上面的蓝天，需要加大C的墨量，而为了突出人物肤色又需要减少C墨物资行情。这样一旦数码打样稍有偏差，无法通过调整印刷墨量来跟色。
6.专色打样跟色
从目前的实际生产情况来看，基本上还不能实现专色的模拟打样中部印刷。专色的色相多以标准色谱为主，数码打样只作为参考印刷市场。在打样过程中，一般都是将专色转换为油墨CMYK四色，再用打印墨水来模拟，在专色转CMYK套印色过程时，容易产生误差。
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